Hạ tuần tháng 3 năm 1975, bàn giao Biệt khu Thủ đô lại cho Trung tướng Nguyễn Văn Minh, ông được tái nhiệm chức vụ Tư lệnh Hải quân thay thế Đề đốc Thiếu tướng Lâm Ngươn Tánh được cử làm phụ tá Quốc vụ khanh Bác sĩ Phan Quang Đán. Tuy nhiên, tình thế quân sự tại Nam Việt Nam đã thay đổi khi hầu hết địa bàn của Quân khu I và Quân khu II đã rơi vào tay của lực lượng Cộng sản. Trong những động thái cuối cùng, ông đã cho thành lập Lực lượng Đặc nhiệm 99, khai thông tuyến đường thủy từ Sài Gòn ra biển, đề phòng đối phương cắt đứt Quốc lộ 4, ngang khúc Long An trong trường hợp tiến đánh Sài Gòn; đồng thời lập kế hoạch di tản bằng đường thủy các đơn vị Quân lực Việt Nam Cộng hòa và các công nhân viên chức chính phủ về Quân khu IV trong trường hợp Sài Gòn thất thủ.

Tuy nhiên, mọi thứ đã quá trễ. Sau khi Tổng thống Thiệu từ chức và bay ra nước ngoài, Phó Tổng thống Trần Văn Hương cũng giữ chức vụ Tổng thống trong 7 ngày rồi bàn giao lại cho Đại tướng Dương Văn Minh. Không còn hy vọng về quân sự, tân Tổng thống Dương Văn Minh đã giao quyền cho Tư lệnh Chung Tấn Cang tự quyết các vấn đề về Hải quân. Ngay trong ngày 29 tháng 4 năm 1975, ông ra lệnh giải tán Bộ Tư lệnh Hải quân rồi lên Tuần dương hạm Trần Nhật Duật HQ-3, cùng nhiều chiến hạm khác lập thành một hạm đội di tản nhiều quân nhân và thường dân chuyển về tập kết tại Côn Đảo. Trưa ngày 30 tháng 4, sau khi nghe thông báo đầu hàng của tướng Dương Văn Minh trên đài phát thanh, ông đã ra lệnh toàn bộ Hạm đội di chuyển về căn cứ Subic (Philippines). Tại đây, ông cùng các sĩ quan Hải quân Việt Nam Cộng hòa đã làm lễ hạ cờ và bàn giao các chiến hạm lại cho Hải quân Hoa Kỳ ngày 7 tháng 5 năm 1975. Các chiến hạm này về sau đều được Hải quân Philippines sử dụng.

• Quân chủng Hải quân VNCH vào thời điểm cuối tháng 3 và tháng 4/1975, nhân sự ở Bộ tư lệnh và các đơn vị trực thuộc phối thuộc với các Quân khu được phân bổ trách nhiệm như sau: